Ага, вот такие они вредные, что могут располагаться, как угодно
но должны быть, да, также как и на 3х3х3

чтобы не запутаться, нужно просто для себя методу выбрать, что и когда собирать, и тогда легче станет

по собственному опыту:
начинаю с зеленого (просто мне вот он нравится так), собираю центр его, потом напротив него собираю синий
потом ставлю зеленый налево, синий направо, центры должны располагаться в порядке (если крутить верх на себя): желтый, красный, белый, розовый/фиолетовый (в зависимости от куба рубикс или истшин)
ну и по очереди центры и собираю - сначала желтый, потом красный, белый, и в конце розовый
всегда можно проверить, если какой-нибудь из угольчиков подогнать в "правильное" место, то сравнить, правильно ли центры поставились

Если противоположные центры оказались не на тех местах, то их легко поправить. Для того, что бы поменять местами центр А и центр Б:
1. "внедряешь" половинку стороны А в сторону Б (поворот 180 двух боковых сторон)
2. поворачиваешь 2 раза сторону А
3. поворачиваешь 2 раза сторону Б
4. две стороны из п.1 крутишь 180 в обратную сторону
или (Rr)2 U2 D2 (Rr)2
кста, формулу можно использовать, когда уже на этапе сборки как 3х3 пришло осознание, что центры стоят неправильно

если рядом стоящие (фасад и верх) центры надо поменять, то формула тоже простая (интуитивно можно догадаться):
(Rr) U2 (Rr)2 F2 R
ну и кое-как с горем пополам иногда центры в правильное положение поставить удается

дальше спаривание
выбираю "белый-что-то" и ставлю "правым центральным"
просто потому что белый в глаза лучше бросается - пара быстрее найдется
на слой выше ищу ему пару и ставлю на "левый центральный". Из нового слоя смотрю, что получилось "правым центральным" - и ищу пару на следующем слое. Ну и потом еще один разок так, как в вышеприведенном видео. Строю цепочку из трех, которую сначала стыкую, а потом по очереди заменяя, получая на обратном пути снова три пары. Итого шесть.
Одно отличие с видео, там делается все горизонтально, а я - вертикально. Мне так легче.
И всегда со справа-вниз на слева-вверх. Просто так оно легче до автоматизма доводится, куда с боковых сторон нужные "центро-боковинки" подгонять, чтобы поставить в нужное место, потому как "боковинки" всегда подгоняются на "левую" часть

пустячок, а пару-тройку секунд экономят

Спаривая 3 пары туда, 3 на "возвращении", потом снова 2 пары + 2 на "возвращении", получается 10 из 12ти.
Иногда остальные 2 встают сами собой, иногда нет, но если нет, то они легко спариваются формулой:
(поставить сердцевинки друг напротив друга на одной стороне, и)
два нижних слоя вправо, один правый наверх, один фасад против часовой, верх c правой стороны на фасад, правую обратно вниз, фасад обратно по часовой, два нижних слоя обратно налево
или, на языке формул, (Dd) R F' U R' F (Dd)'

И тогда последние две пары собраны

Далее куб собирается, как 3х3х3
если возникает Parity с двумя "центро-сердцевинками", то я ее решаю на этапе между OLL и PLL - оно так проще PLL потом разглядеть.
вторая Parity (если необходима) делается сразу после первой, если виден рисунок, не встречавшийся для PLL на 3х3х3.
когда уже один из PLL'ов различим, далее все собирается по одной из 21ой известных формул

------------
в общем, вкратце так
пока тоже любитель
у меня пока рекорд 2.42; сравнительно и хорошо и плохо
но вот опытом, каким ни есть, поделился
Если че не так сказал, и есть более эффективные методы из собственной практики, то был бы рад выслушать
а так, надеюсь, что че-то из вышеизложенного окажется достойным внимания

В общем, так...
Центры я делаю также, то есть сначала два противоположных, потом все остальные по очереди. Только начинаю в основном с белого (ну, или с желтого, если желтый собрать проще, приоритет же все равно у белого).
Теперь спаривание... Вообще существует несколько разных методик, на youtube можно их все посмотреть. Но основные - это "шесть пар одновременно", ее описал Роман, а также "две пары одновременно"... Можно еще разбивать центры на полосы и собрать быстро 8 пар, а затем останется 4. Последним способом многие спаривают тройки в 5х5, в 4х4 я не знаю, использует ли его кто-нибудь...

Я лично спариваю по две пары одновременно. Замечу, что мировой рекордсмен Эрик Аккерсдайк делает таким же способом. Заключается он в следующем: сначала делаем ход двойным слоем, чтоб собралась одна пара. Потом вытаскиваем ее оттуда, но так, чтоб при совмещении центров обратно собралась еще одна пара. Просто и быстро. Максимум шесть таких операций, и все пары собраны...

ОЛЛ-паритет я делаю до самого алгоритма ОЛЛ, ПЛЛ-паритет - до алгоритма ПЛЛ.
Вот такой методикой я собираю пока со средним где-то 1:35 - 1:40, рекорд 1:18.

Искусство и состоит в том, чтобы эту вторую пару быстро найти. Сразу скажу, это нелегко... но со временем появляется какая-то способность нахождения этих кусочков, и время потихоньку уменьшается... Посмотри любое видео Эрика Аккерсдайка, у него вообще процесса поиска пары не видно, он как будто знает, где они находятся...

А насчет 5х5, возможно, разбиение на полосы и является более прогрессивным... По-моему, большинство спидкуберов именно полосами и решают, опять же кроме Аккерсдайка (а он мировой рекордсмен). В общем, я пока остановился на этом методе, может, со временем я и перейду на полосы.

насколько сложно собрать 4х4х4 и 5х5х5 относительно 3х3х3?

Я только пару дней назад начал крутить 5х5, научился собирать центры сам а для боковушек вывел тоже сам один алгоритм и им все собираю, только вот есть одна проблемка, скажите пожалуйста как решить такой вариант, когда остается две последние боковые тройки и надо переместить один кубик в другую, я делаю алго и в итоге разрушается другая тройка, сам ничего придумать не могу и нигде найти тоже(

т.е получается сложность чуток выше изза паритетов, просто тупо времени нужно больше

Попробовал твой метод, Антон
Он оказался удобнее, чем по 3+3 пары, поскольку исключаются лишние движения с "подгонкой" второй и третьей пары, когда нужно сохранять первую и вторую
Спасибо за упоминание данного метода

время улучшилось, но правда, не существенно
все так и остаются результаты у меня 2.50-3.20:  30-40 сек на центры, минута-полторы на спаривания, и минута на 3х3 с учетом паритетов, итого около трех минут

чувствую, что проблема просто в скорости вращения кубика

В связи с этим вопрос к тебе, Антон: как ты его "стабилизируешь", чтобы куб был ровным и свободным для вращения?
Особенно на этапе 3х3 это сказывается, что грани все ходят, а из-за сместившейся какой-нибудь внутренней левой грани не получается верх повернуть и т.п.

я иногда куб "сжимаю", иногда наоборот, более расслабленными движениями он легко крутится, но может как-то еще можно "управлять поворачиваемостью" куба?